A Paks 2 beruházás kapcsán ritkábban esik szó arról, hogy hová kerülhet a jövőben az új erőműben majdan keletkező radioaktív hulladék. Márpedig ezt Magyarországnak az EU-s előírások értelmében saját hatáskörben kell megoldania – áll a Porfolio elemzésében.

Az országban jelenleg három helyszínen tárolnak radioaktív hulladékot, ebből egyet azonban nem a Pakson, hanem az egyéb intézményekben (pl. kórházakban) létrejövő radioaktív hulladék elhelyezésére használnak. Az atomerőműben keletkező kis- és közepes aktivitású radioaktív hulladék átmeneti elhelyezésére már rendelkezésre, illetve bővítés alatt állnak a tárolók Magyarországon is, ugyanakkor a nagy aktivitású radioaktív hulladék, illetve a hosszú élettartamú kis és közepes aktivitású radioaktív hulladék végleges elhelyezése egyelőre nem megoldott. A végleges elhelyezésre egy mélységi geológiai hulladéktároló jelentheti a megoldást, amelynek magyarországi helyszínének kiválasztására már javában folynak a munkálatok. Ezt azonban nem a Paksi Atomerőmű új, 5. és 6. blokkjának megépítése teszi szükségessé, hanem a már működő négy blokk miatt is indokolt a létrehozása.

A Bátaapátiban épült Nemzeti Radioaktívhulladék-Tároló az atomerőműben keletkező folyékony és szilárd halmazállapotú, kis- és közepes aktivitású radioaktív hulladék végleges elhelyezésére szolgál. 

A Kiégett Kazetták Átmeneti Tárolójában Pakson az atomerőműben keletkező kiégett fűtőelemeket tárolják a végleges elhelyezésüket megelőző ötven éves időtartamra. Az 1997-ben épült létesítménybe évente mintegy háromszáz üzemanyag-kazetta kerül; ennek bővítése is időszerűvé vált

Az egységesnek tekinthető nemzetközi álláspont szerint egy mélységi geológiai tároló alkalmas a kiégett üzemanyag közvetlen elhelyezésére (amely ebben az esetben nagy aktivitású hulladéknak tekintendő), és a kiégett üzemanyag feldolgozása során keletkezett másodlagos nagy aktivitású hulladékok befogadására is, attól függően, hogy milyen üzemanyagciklus zárási (kiégett fűtőelem kezelési) stratégia mellett születik döntés.

Az egykori Mecseki Ércbányászati Vállalat, majd a Radioaktív Hulladékokat Kezelő Kft. irányításával az 1990-es évek óta folyik a Nyugat-Mecsekben annak vizsgálata, hogy az úgynevezett Bodai Agyagkő Formációban kialakítható-e egy mélységi geológiai tároló, amely garantálja a nagy aktivitású radioaktív hulladékok végleges, biztonságos elhelyezését. 

Előreláthatólag 2055-től kezdődik meg a tároló kialakítása, 500 és 1000 méter közötti felszín alatti mélységben. Az átmenetileg Pakson tárolt kiégett fűtőelemek beszállítása várhatóan 2064-ben indul majd meg.